Czystka ta zaczęła się w 1951 r. od wymierzonej w Żydów sprawy lekarzy kremlowskich i od sprawy megrelskiej, czyli uderzenia w ludzi Berii w Gruzji (wywodzących się regionu znanego jako Megrelia). Czystka miała przyspieszyć w pierwszych miesiącach 1953 r. 13 stycznia 1953 r. „Prawda" informuje o aresztowaniach wśród kremlowskich lekarzy winnych otrucia wielu działaczy partyjnych. W Birobidżanie i na Nowej Ziemi stawiane są na masową skalę baraki, mogące pomieścić łącznie setki tysięcy ludzi. Ministerstwo Spraw Wewnętrznych drukuje w milionie egzemplarzy broszurkę pt. „Czemu nieuniknione jest usunięcie Żydów z przemysłowych centrów kraju". Stalin osobiście redaguje list otwarty sowieckich żydowskich inteligentów, w którym znalazł się apel o deportację wszystkich Żydów w „bezpieczne miejsca". W lutym nakazuje ministrowi obrony Bułganinowi ściągnąć do Moskwy oraz innych dużych miast tysiące wagonów bydlęcych. Kilka tygodni wcześniej Stalin zaczyna rozpowszechniać plotkę, że Beria jest Żydem. Zeznania aresztowanych megrelskich generałów mówią, że chcieli oni oderwać Gruzję od ZSRR. Na ich zeznaniach Stalin nanosi uwagi: „Uderzyć w głównego Megrela" i „Śmierć wszystkim megrelskim bandytom!". Gotowy jest rozkaz deportacji na Syberię wszystkich Megrelów. Na ulicach Tbilisi pojawiają się oddziały kozackie, które mają zapędzać Gruzinów do bydlęcych wagonów.
Beria równolegle snuje własną intrygę. Generał Nikołaj Własik, szef ochrony osobistej Stalina, w grudniu 1952 r. zostaje nagle odwołany ze stanowiska. Przesunięto go na fotel komendanta łagru, a dwa tygodnie później aresztowano. „Życzliwi ludzie" donieśli Stalinowi, że Własik ukradł kilka kilogramów kawioru i rozmawiał ze swoim żydowskim sąsiadem z działki. Tak się akurat składało, że Własik był wrogiem Berii. Ostrzegał: „Gdy mnie zabraknie, Stalin nie przeżyje pół roku".
Abdurachman Awtorchanow, były funkcjonariusz partyjny z Czeczenii i zarazem jeden z założycieli Radia Swoboda, uznał ten epizod za element przygotowań do zamachu stanu. W swojej książce „Zagadka śmierci Stalina. Spisek Berii" dokładnie przeanalizował wszystkie wersje wydarzeń z przełomu lutego i marca 1953 r. i doszedł do wniosku, że Stalin nie zmarł śmiercią naturalną. Przytoczył relacje składane przez ludzi, którzy za czasów Chruszczowa zasiadali w specjalnej komisji badającej sprawę śmierci Stalina. Według nich Chruszczow, Malenkow i Bułganin zwrócili się do Berii z prośbą o usunięcie wodza. Początkowo zaproponowali aresztowanie Stalina i osadzenie go na Wyspach Sołowieckich. Proces wodza byłby jednak problematyczny. Beria zażartował, że z Sołówek Stalina odbiliby „Chińczycy z lojalności lub Amerykanie z ciekawości". Postanowiono więc, że tyran musi zginąć. Beria naszkicował dwa plany operacji: minimalistyczny, przewidujący otrucie wodza, i maksymalistyczny, mówiący o wysadzeniu go w powietrze wraz z willą w Kuncewie. Operacji nadano kryptonim „Mozart".
Spisek wkroczył w finałową fazę 28 lutego 1953 r. Tego wieczoru Stalin gościł w Kuncewie partyjną wierchuszkę. Po zakończeniu narady Chruszczow, Malenkow i Bułganin odjechali, ale nie do swoich domów, tylko na Kreml. Beria (wraz z asystentką) został trochę dłużej. Zapowiedział, że pokaże Stalinowi dokumenty obciążające Chruszczowa w sprawie lekarzy kremlowskich. Asystentka Berii położyła teczkę na stół i zaczęła ją otwierać. Stalin nachylił się nad stołem i dostał w twarz gazem obezwładniającym, którego zasobnik był ukryty w teczce. Kobieta towarzysząca Berii zrobiła nieprzytomnemu Stalinowi zastrzyk. Wyszli, zostawiając dyktatora, by skonał.
Następnego dnia, po południu, ochroniarze znaleźli Stalina leżącego na podłodze w kałuży moczu. Zadzwonili do Berii, informując go o tej sytuacji. Zrugał ich za niepotrzebne sianie paniki i zabronił wzywać lekarzy do wodza. 1 marca próbowała się dodzwonić na daczę Stalina jego córka Swietłana. Nie udało się, połączenia zostały już odcięte. W tym czasie Beria pojechał na Łubiankę i kazał wypuścić z cel megrelskich generałów. Przyjął ich osobiście i zakomunikował: „Pederasta zdycha, musimy działać szybko".
Lekarze oraz rodzina zostali dopuszczeni do Stalina dopiero 2 marca. Do Kuncewa zjechało również kierownictwo partyjne. Niemal wszyscy zapamiętali, że Beria miał problemy z ukrywaniem swojego dobrego humoru i pozwalał sobie na złośliwe żarty dotyczące umierającego Stalina. Swietłana przyglądała się uważnie lekarzom badającym jej ojca. To byli zapewne medycy z Łubianki. Córka Stalina nie znała żadnego z nich, ale jej uwagę zwróciła młoda pielęgniarka, która aplikowała konającemu dyktatorowi zastrzyki. Skądś ją kojarzyła. Być może była to asystentka Berii, która wcześniej otruła Stalina, a teraz pilnowała, by się nie wywinął śmierci. Jego agonia była potworna. Straszliwie się dusił, a na chwilę przed śmiercią uniósł nagle lewą rękę i pogroził nią wszystkim.
Beria dostał wreszcie szansę na zdobycie władzy nad całym ZSRR i wdrożenie swojego planu demontażu komunizmu.
