Pierwsze posiedzenie tego rządu odbyło się 5 maja 1945 r. Podczas gdy rzucona na kolana III Rzesza zdawała się na łaskę i niełaskę zwycięzców, na budynku kwatery Dönitza nadal łopotała hitlerowska flaga ze swastyką. Bezwarunkowa kapitulacja nie została odebrana przez następcę Adolfa Hitlera jako koniec istnienia państwa niemieckiego. Wraz z członkami komisji alianckiej, na czele której stali: generał brygady Ford i generał major Brooks, uzgodniono granice tzw. enklawy III Rzeszy, w ramach której działał marionetkowy rząd niemiecki. Alianci zezwolili nawet na działanie rządowej stacji radiowej informującej Niemców o sytuacji w kraju. Gabinet Dönitza zaczął całkiem na serio przygotowywać się do zarządzania państwem.
Wszystko to działo się za wiedzą i cichą zgodą premiera Winstona Churchilla i brytyjskich dowódców w północnych Niemczech. Widmo zagrożenia ze strony „rozgrzanych" wojną radzieckich armii Stalina spowodowało, że całkiem serio brano pod uwagę możliwość ataku radzieckiego skierowanego przeciwko niedawnym sojusznikom. W takiej sytuacji kapitulujące niemieckie siły zbrojne mogłyby zostać użyte do poważnego osłabienia pierwszego ataku sowieckiego w kierunku zachodnim. W jednym z przemówień radiowych Churchill określił prezydenta Dönitza jako „desygnowaną przez naród głowę państwa niemieckiego". W liście do prezydenta USA Harry'ego Trumana premier Wielkiej Brytanii napisał: „Wyłączne myślenie o ukaraniu najsurowiej całkowicie pokonanych i zrujnowanych Niemiec może przesłonić nam niebezpieczeństwo agresji sowieckiej na zachód i szybkiego osiągnięcia przez nich wybrzeży Morza Północnego i Atlantyku". Rząd prezydenta Dönitza i desygnowanego na kanclerza i ministra spraw zagranicznych III Rzeszy hrabiego Lutza Schwerina von Krosigka dostał pozwolenie na działanie bez przeszkód. Zwłaszcza że większość oddanych do niedawna Hitlerowi fanatycznych nazistów, oferujących teraz swe usługi Dönitzowi, zostało z miejsca odprawionych. Byli wśród nich m.in.: Reichsführer SS Heinrich Himmler i były minister spraw zagranicznych Joachim von Ribbentrop. Jedynie Albert Speer został mianowany ministrem gospodarki. Cała ekipa rządu Karla Dönitza liczyła w pewnym momencie 350 osób. Obowiązki wartownicze pełniła kompania marynarzy z Kriegsmarine, oddająca hitlerowskie pozdrowienie nielicznym przybyłym do Flensburga przedstawicielom dyplomatycznym, w tym m.in. Cesarstwa Japonii czy Niezależnego Państwa Chorwackiego. Należy podkreślić, że we Flensburgu często dochodziło do budzących niesmak incydentów, jak choćby w czasie wizyty u Karla Dönitza amerykańskiego admirała Chestera Nimitza, która miała ewidentnie oprawę przypominającą audiencję u głowy państwa.
W przeciwieństwie do strony brytyjskiej rząd radziecki i dowództwo wojskowe w Niemczech podchodziło do Tymczasowego Rządu III Rzeszy z nieskrywaną podejrzliwością i wrogością. Sowieci traktowali tolerowanie przez Brytyjczyków działalności tego rządu jako jawne pogwałcenie aktu bezwarunkowej kapitulacji. Pomruki ze strony Kremla zwróciły uwagę Departamentu Stanu i wywołały reakcję gen. Dwighta Eisenhowera, który nakazał usunięcie wszelkich flag i insygniów hitlerowskich z budynków rządowych we Flensburgu. Żeby załagodzić nastroje sowieckich generałów, Brytyjczycy podjęli decyzję o aresztowaniu 13 maja 1945 r. przebywającego we Flensburgu feldmarszałka Wilhelma Keitla. W prasie brytyjskiej pojawiły się głosy domagające się wyjaśnienia całej sprawy. Winston Churchill znający doskonale polityczne tło przyzwolenia na działalność rządu Dönitza w typowy dla siebie sposób wykręcił się od wszelkich wyjaśnień. Brytyjska opinia publiczna jednoznacznie potępiła tzw. gabinet Dönitza, określając go jako „obrzydliwą farsę odgrywaną przez pogrobowców Hitlera".
Nie wiadomo, jak długo ta farsa by trwała, gdyby nie interweniował gen. Dwight Eisehower, który przypomniał Brytyjczykom, że Dönitz, von Krosigk i pozostali „członkowie" tego gabinetu nie mają żadnych umocowań do sprawowania jakiejkolwiek władzy w Niemczech. 23 maja 1945 r. głównodowodzący sił sprzymierzonych za Zachodzie wydał osobiście rozkaz aresztowania Dönitza i całej jego ekipy. Treść nakazu aresztowania całego Tymczasowego Rządu III Rzeszy została odczytana admirałowi Dönitzowi na pokładzie statku „Patria", dokąd wcześniej go wezwano. Kilka miesięcy później ostatni prezydent III Rzeszy został oskarżony o zbrodnie wojenne i wyrokiem Międzynarodowego Trybunału w Norymberdze skazany na karę 20 lat więzienia. Kilkudniowy minister pracy i gospodarki w jego rządzie, słynny ulubieniec i „architekt Hitlera" Albert Speer, określił „rządy we Flensburgu" jako coś w rodzaju „opery komicznej". Ostateczny koniec tego farsowego rządu nastąpił 5 czerwca 1945 r., kiedy władzę w Niemczech formalnie przejęła Sojusznicza Rada Kontroli Niemiec. Właśnie ten dzień można uznać za faktyczny koniec III Rzeszy.
